Các doanh nghiệp, hộ kinh doanh trong lĩnh vực nông nghiệp cần chú ý.
Công văn 2300/CT-CS ngày 13/4/2026 về cây giống chanh leo – trả lời câu hỏi của Công ty Cổ phần Chanh leo Việt Nam cho thấy các doanh nghiệp/hộ kinh doanh cần chú ý bản chất hoạt động, để xác định chính xác những ưu đãi về thuế.
Cục thuế cho biết cơ quan này vừa nhận được văn bản số 01/2026/CV-CLNF ngày 29/1/2026 của công ty Cổ phần Chanh leo Nafoods về chính sách thuế GTGT.
Theo cục thuế đối với trường hợp của “Công ty cổ phần Chanh leo ươm tạo và sản xuất giống chanh leo công nghệ cao là sản phẩm vật liệu nhân giống cây trồng theo quy định của pháp luật về trồng trọt thì thuộc đối tượng không chịu thuế. ”
Trong công văn này, cơ quan thuế xem xét hoạt động ươm tạo và sản xuất cây giống chanh leo, và đi thẳng vào điểm cốt lõi: sản phẩm đó có đúng là “giống cây trồng” – tức vật liệu nhân giống phục vụ sản xuất nông nghiệp – hay không, theo quy định của Luật Trồng trọt số 31/2018/QH14 ngày 19/11/2018. Đồng thời, cơ quan thuế đối chiếu với Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 ngày 26/11/2025, trong đó nêu rõ chỉ những sản phẩm trồng trọt chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường mới thuộc diện không chịu thuế GTGT. Từ hai căn cứ này, kết luận được đưa ra khá rõ ràng: nếu doanh nghiệp thực sự đang bán cây giống – tức sản phẩm phục vụ nhân giống – thì thuộc đối tượng không chịu thuế .
Một công văn mới của Cục Thuế Việt Nam – Công văn 2300/CT-CS ngày 13/04/2026 – tưởng chừng chỉ giải quyết một trường hợp cụ thể về cây giống chanh leo, nhưng thực chất lại làm lộ ra một sai lầm rất phổ biến: nhiều hộ kinh doanh đang nhầm lẫn giữa việc “làm nông nghiệp” và việc “không phải nộp thuế”.
Nhưng điều đáng chú ý không nằm ở kết luận này, mà nằm ở nguyên tắc phía sau nó: thuế không phụ thuộc vào việc bạn đang làm nông nghiệp, mà phụ thuộc vào bản chất cuối cùng của sản phẩm bạn bán ra thị trường. Cùng là chanh leo, nhưng nghĩa vụ thuế có thể hoàn toàn khác nhau.
Ví dụ “ Khi doanh nghiệp bán cây giống chanh leo, đó là vật liệu nhân giống nên không chịu thuế; khi bán chanh leo tươi chưa qua chế biến, vẫn có thể không chịu thuế; nhưng chỉ cần chuyển sang ép nước đóng chai hoặc sản xuất siro, sản phẩm đó đã không còn là nông sản ban đầu mà trở thành hàng hóa chế biến, và theo quy định của Luật Thuế GTGT, phần doanh thu này phải chịu thuế”.
Sai lầm phổ biến nằm ở chỗ nhiều hộ kinh doanh không nhận ra “ranh giới chuyển trạng thái” này. Họ bắt đầu từ hoạt động nông nghiệp không chịu thuế, sau đó mở rộng sang chế biến để tăng giá trị, nhưng lại giữ nguyên cách kê khai ban đầu cho toàn bộ doanh thu. Khi đó, phần doanh thu đáng lẽ phải chịu thuế lại bị “trộn” vào nhóm không chịu thuế, và sai sót không chỉ xảy ra ở một giao dịch mà kéo dài qua nhiều kỳ. Theo nguyên tắc tại Luật Quản lý thuế 2019, “ người nộp thuế phải kê khai chính xác, trung thực, đầy đủ ;” vì vậy khi cơ quan thuế kiểm tra và áp dụng cách hiểu thống nhất như trong công văn 2300/CT-CS ngày 13/4/2026, toàn bộ phần kê khai sai sẽ bị điều chỉnh lại, dẫn đến truy thu thuế kèm theo tiền chậm nộp.
Nhìn rộng hơn, công văn 2300/CT-CS ngày 13/4/2026 không tạo ra quy định mới, nhưng lại có ý nghĩa như một “điểm chốt” về cách hiểu: trong lĩnh vực nông nghiệp, ranh giới giữa không chịu thuế và chịu thuế không nằm ở tên ngành nghề hay nguồn gốc sản phẩm, mà nằm ở việc sản phẩm đó còn giữ nguyên bản chất ban đầu hay đã trở thành một hàng hóa khác. Và chính sự khác biệt tưởng như rất nhỏ này lại là lý do vì sao nhiều hộ kinh doanh chỉ đến khi bị kiểm tra mới phát hiện mình đã kê khai sai trong một thời gian dài.
Qua trường hợp cây giống chanh leo, Công văn 2300/CT-CS ngày 13/4/2026 đã làm rõ một nguyên tắc quan trọng: nghĩa vụ thuế không phụ thuộc vào việc sản xuất nông nghiệp, mà phụ thuộc vào bản chất sản phẩm bán ra – yếu tố có thể thay đổi chỉ từ cách thức kinh doanh.
Lê Vân–markettimes.vn
